2. Úvod
  3. Věda
  4. Podpora výzkumu
  5. Core facilities
  6. Necílená metabolomika


Skupina necílené metabolomiky nabízí vědeckým skupinám ÚOCHB nejnovější technologie LC-MS analýzy a podporu při zpracování a interpretaci metabolomických dat. Cílem necílené metabolomické analýzy je komplexní profilování malých molekul přítomných v biologických vzorcích, např. v buněčných kulturách, krevních vzorcích nebo rostlinných tkáních.

Jak začít s Vaší metabolomickou analýzou

Abychom plně porozuměli Vašim výzkumným cílům a záměrům, začíná každý projekt individuální konzultací. Poté můžeme probrat postup přípravy vzorku a naplánovat LC-MS analýzy.

Poskytované služby

Příprava vzorků
Od uživatelů se očekává, že si vzorky pro analýzu připraví sami. K tomu nabízíme následující formy podpory:

  • Standardizované protokoly přípravy vzorků pro různé biologické matrice. Můžeme poskytnout rozpouštědla a spotřební materiál (např. vialky nebo destičky) kompatibilní s naším LC-MS systémem.
  • Podporu při vývoji vlastních protokolů přípravy vzorků
  • Školení přípravy vzorků
  • Přístup k zařízení pro homogenizaci vzorků (např. TissueLyser) a potřebné školení

LC-MS analýza
Skupina je vybavena hmotnostním spektrometrem s vysokým rozlišením (Orbitrap ID-X, Thermo Fisher Scientific) spojeným s biokompatibilním systémem ultra-vysokoúčinné kapalinové chromatografie (Vanquish, Thermo Fisher Scientific). Kromě toho lze využít detektor DAD (UV a VIS). K dispozici jsou standardní LC separační kolony (s reverzní fází a HILIC). Konfiguraci systému LC-MS lze upravit na základě požadavků každého projektu.

Analýza dat
Aby bylo možné získat relevantní informace, hrubá data z necílené LC-MS analýzy vyžadují další zpracování. V souladu s tím poskytujeme tyto služby:

  • Posouzení kvality hrubých dat (např. přesnost/reprodukovatelnost, odstranění artefaktů)
  • Standardizované postupy analýzy dat pro:
    1. Detekci LC-MS „píků” (signály definované jejich m/z a retenčním časem) a jejich proložení napříč vzorky/nástřiky
    2. Anotace metabolitů pomocí spektrálních knihoven (komerčních, veřejných nebo vlastních) a/nebo in-silico predikce struktury
    3. Univariační a multivariační statistickou analýzu
    4. Identifikaci analogů a derivátů pomocí podobnosti MS/MS spekter v molekulárních sítích (tzv. “mass spectral molecular networking”)
  • Podpora při interpretaci výsledků a jejich grafickém zpracování
  • Příprava výstupů pro publikace

Kontakty