| Úroveň |
Task |
| I. |
Malé organické molekuly (<100 těžkých atomů) |
|
Stanovení rozumné 3D geometrie ze SMILES, včetně hlavních konformerů, tautomerů a protonačních stavů |
|
Relativní stabilita konformerů v různých rozpouštědlech (implicitní rozpouštědlo) |
|
Fyzikálně-chemické a ADMET vlastnosti (např. pKa, rozpustnost, permeabilita, logP)) |
|
Kvantově-mechanická optimalizace struktury v implicitním rozpouštědle, včetně normálních módů |
|
Kvantově-mechanický výpočet elektrostatického potenciálu v implicitním rozpouštědle |
|
Parametrizace pro dokování nebo MD (<50 těžkých atomů) |
|
Výpočet kvantově-mechanických vlastností (např. spektra) |
|
Výpočet reaktivity pomocí kvantově-mechanických metod |
| |
| II. |
II. Proteiny v roztoku (<1500 AK) |
|
Analýza/předpověď 3D struktur, včetně analýzy spolehlivosti a strukturního srovnání |
|
Stabilita 3D struktury, vodíkové vazby, flexibilita smyček |
|
Vazebná místa pro molekuly vod a ionty |
|
Rozšířený konformační ensemble NMR modelů (MD s omezeními NOE) |
|
Konformace indukované nestandardními residui |
| |
| III. |
Membrány a membránové proteiny (<1500 AK) |
|
Simulace membrán s definovaným složením |
|
Analýza/předpověď 3D struktur, včetně analýzy spolehlivosti a strukturního srovnání |
|
Stabilita 3D struktury, vodíkové vazby, flexibilita smyček |
| |
| IV. |
Nukleové kyseliny (<40 nukleotidů) |
|
Analýza/předpověď 3D struktur, včetně analýzy spolehlivosti a strukturního srovnání |
|
Stabilita 3D struktury, vodíkové vazby |
|
Chemické modifikace nukleových kyselin a jejich modelování |
| |
| V. |
Biomolekulární komplexy - Kombinace výše uvedeného plus molekuly vody a iontů (<200 000 atomů) |
|
Předpověď 3D struktur z FASTA/PDB a SMILES |
|
Sestavení komplexních systémů |
|
Typy interakcí (nabité, vodíkové vazby, patrové, můstky přes molekuly vody, sigma-díry, kovalentní) |
|
Flexibilita vodíkových vazeb, interakční otisky, interakční energie MM-GBSA |
|
Virtuální screening (100 ligandů - 10 pozic - známá vazebná kapsa) |
|
QSAR model aktivity |
|
Virtuální screening (AHL) |
|
Virtuální screening (velké knihovny, blind docking) |
|
Volná vazebná energie iontů |
|
Kovalentní dokování |
|
MD s omezeními (např. délka linkeru z hmotnostní spektrometrie) |