- Vedení databáze standardizovaných metod pro analýzy NGS dat, optimalizace a testování nových bioinformatických postupů.
- Základní statistika a kvalitativní zhodnocení sekvenačních výstupů, kvalitativní trimování a odstranění sekvenačních artefaktů, spojování párových čtení, atd.
- Sekundární analýza dat pomocí in-house standardizovaných postupů (portfolio se bude postupně rozšiřovat dle požadavků ostatních skupin):
- Assembly a anotace genomu;
- Assembly a anotace genomu transkriptomu;
- Resekvenace, mapování na referenci, detekce variant;
- Analýza diferenciální exprese a profilování;
- Predikce terapeutického účinku látek (Connectivity map koncept);
- Analýza metagenomu;
- Fylogenetická analýza a clusterování;
- Analýza SELEX, Ribosome display nebo Phague display knihoven.
- Zavádění a úprava nových standardizovaných postupů z literatury nebo jiných pracovišť.
- Příprava grafických výstupů v publikační kvalitě pomocí pythonu a R.